معاونت آموزشی دبیرستان شهید صدوقی که مسئول برنامه ریزی آموزشی و نظارت بر حسن اجرای این برنامه‌هاست با کمک گروه‌های آموزشی و دبیران مجرّب و جوان و نیز با همکاری معاونت مشاوره و طرح و برنامه و کادر اجرایی دبیرستان ، فعّالیّت‌های خود را در سرفصل‌های زیر پیگیری می‌کند:   

1.        رايزني با مدير دبيرستان، مدیران گروه‌های آموزشی و دبيران جهت تنظيم و ارايه برنامه آموزشي کلاسها و تنظيم تقويم تحصيلي.

2.       هماهنگی و همکاری مستمر با معاونت مشاوره و طرح و برنامه و ارتباط با مشاوران کلاس ها به منظور نظارت بر روند آموزشی کلاس ها و روند پیشرفت دانش آموزان

3.     ارتباط با معاونت پژوهشی دبیرستان در راستای هماهنگی برنامه‌های پژوهشی و آموزشی.

4.      ايجاد هماهنگي و نظارت بر حسن انجام وظيفه گروه‌های آموزشي دبيرستان،دبیران و کادر آموزشی.

5.       تشکيل جلسات گروه‌های آموزشي به منظور تصميم گيري و تبادل نظر پيرامون موارد آموزشي.

6.      برنامه ريزي و اجراي کليه آزمونهاي تشريحي و تستي و پيگيري و نظارت بر انجام بموقع فعاليتهاي مرتبط از قبيل طراحي آزمون، تايپ، تکثير، تصحيح، صدور کارنامه.

7.       تلاش جهت بهبود کيفيت و افزايش بازده آموزشي دبيرستان با استفاده از اقدامات اصلاحي نظير کلوپ‌های رفع اشکال،کلاسهاي تقويتي، مشاوره جمعي و انفرادي، برنامه ريزي کار در منزل، طرح مطالعه در مدرسه، جلسات آموزشي دبيران، برگزاري جلسات توجيهي اوليا، تشويق دانش آموزان برگزیده علمی.

8.      تشکيل کلاسهاي المپياد و بستر سازی برای علاقمندان شرکت در آزمون‌های سراسری المپیاد.

9.      استماع و رسيدگي به مشکلات آموزشي دانش آموزان و تلاش جهت رفع مشکلات.

10.       برگزاری جلسات عمومی اولیاء و جلسات انجمن اولياء و مربيان.

11.     تهيه مقدمات و اجراي برنامه اردوهاي تفریحی و علمي.

12.     انجام امور اداری مربوط به فارغ‌التحصیلان.

·         واحد های زیر مجموعه معاونت آموزشی عبارتند از:

• واحد المپیاد
• واحد امور اداری و فارغ‌التحصیلان
• واحد انتشارات

·         گروه‌های آموزشی دبیرستان عبارتند از:

• گروه ریاضی
• گروه فیزیک
• گروه کامپیوتر
• گروه شیمی
• گروه زیست‌شناسی
• گروه زبان و ادبیات فارسی
• گروه معارف اسلامی
• گروه عربی
• گروه زبان انگلیسی
• گروه اجتماعی
• گروه تاریخ و جغرافیا

معاونت تربيتي دبيرستان شهید صدوقی یزد با هدف ايجاد فضايي صميمي و با نشاط در محيط آموزش، زمينه‌ي رشد معنوي فرزندان فرهيخته‌ي ايران اسلامي را فراهم مي‌آورد.

از آنجا كه دبيرستان شهید صدوقی به مثابه‌ي دانشگاهي بزرگ است كه در آن به پرورش تمامي ابعاد وجودي دانش‌آموزان توجه مي‌شود، ساز و كاري انديشيده شده است تا در موقعيت‌هاي مختلف، دانش‌آموزان بهترين بهره‌برداري را از آموزه‌هاي ديني، اعتقادي و فرهنگ روز جامعه داشته باشند. بدين منظور بخش‌هاي مختلفي در اين معاونت تعريف شده است كه هر کدام از این بخش‌ها فعالیّت خاصّ خود را دارند.